1.过分追求利润
专业食堂承包公司在经营学校食堂中，过分追求利润。一般学校食堂包括校园内的学生食堂、教工食堂及经营性接待餐厅等经济实体，以学生食堂为主体，其主要功能是为广大师生员工提供伙食服务。学校食堂既具有事业性，又具有企业性的双重属性，其工作的宗旨是为教学、科研和师生员工的生活服务。如果经营中，过分追求利润化，提高价格，会直接导致学生罢餐等等问题，企业品牌逐渐变差。
2.食堂市场意识淡薄
学校食堂除了事业性兼容企业性原则之外，主要还是面向市场化。如果当前政府管理部门、学校、师生对后勤社会化改革缺乏认识，市场化意识淡薄，缺乏监督，这逐渐催生了食堂承包公司对食堂经营中有诸多缺陷。另外食堂供应非学生的唯一就餐地点，如果食堂承包公司不加大投入，最终导致食堂经营难以维持。
3.原材料采购价格的上涨
这种情况，是外界因素导致。近年农产品价格不断上涨，导致直接成本已远远超出了这个水平。学校食堂属高消耗单位，在物价飞涨的今天，物资采购的完全市场化同学校食堂伙食供应价格行政调控的矛盾，也将导致了学校食堂经营面临困境。
4.库存管理制度不健全
库存管理也是食堂管理中重要的部分。食堂承包制8S管理方法，节约控制成本，做好采购库存规划。食堂采购中固定采购商家，加强内部监督和控制，控制采购成本。在材料的库存管理上，采用一系列的内部监控机制，保证食堂厅月领用的材料、副食品，全部用完，杜绝浪费现象。
5.竞争对手的冲击
通常学校周边的社会餐饮业也越来越多，相比之下管理手段灵活、成本低廉，就餐方便快捷，没有时间限制，很受学生欢迎。这将使得部分具备较高消费能力的学生消费者流失，导至食堂经营单位固定成本增加，影响了学校食堂的效益。
6.食堂缺乏规模效益
学校人数众多，规模也不断扩大，食堂硬件条件需要得到提高。硬件设施的改善，也增加了折旧费用。如果在硬件资源配置上，不能有效的共享，硬件设施利用率差，甚至出现设备闲置，存在着浪费现象，缺乏规模效益。也将会导致食堂经营商出现浪费等众多情况。另外食堂承包公式作为餐饮行业的特殊企业，也需要整体化规模统一化管理。
7.服务质量不高
食堂是餐饮行业，也是服务性行业，需要提高服务意识的宗旨。做好服务，从缓解食堂就餐拥挤，保持整洁有序的就餐环境，在各食堂增设了服务窗口，加大了窗口人员和卫生保洁人员投人，这些方面做起。虽说提搞这些服务，增加费用，但是良好的服务，将会为食堂带来更多效益。一个死链